まとめ：肩関節の構造から考えると自然
背泳ぎは小指から入水しろ、とよく言われています。でも肩関節の構造上この方法は結構不自然です。
さてここでちょっと実験です。
みなさん、気を付けの体勢から『手のひらを下・地面に向けた状態を保って』ゆっくり外転してみてください（下図 ワキを開く 腕を上げる）。力を入れず無理しないと必ず腕はワキを120度開いたところで引っかかると思います。
そしてそこから手のひらをくるっと回して、手のひらを上にしてみましょう。
あら不思議。引っかかりがとれてワキが180度開き、手が頭の上にあると思います。そしてその時必ず親指が背中側、小指が顔側にあるはずです。
実は我々が肩を180度動かし腕を伸ばす時には、上腕骨が120度、肩甲骨が60度動く必要があり、これを肩甲回旋リズムと言います。（下図）
実験で最初にやっていただいた120度までの動きは肩甲上腕関節（肩甲骨と上腕骨の関節）の動きで、残り60度は肩甲胸郭関節（肩甲骨と体幹）の動きです。このうち後者の肩甲胸郭関節が動くためには手のひらをくるっと回す（回外）することが必要で、回外することで初めてスムーズに腕を上げられるのです。
さて本題ですが、小指から入水する姿勢(＝最初の手のひら下の姿勢)では腕は120度までしか動きません。水泳上級者はここにローリングを加えることで、まっすぐ適切な位置に入水します。（また小指から入水した方がキャッチがしやすいです。でもキャッチ自体は実は推進力0なのでここで力入れても特に速く泳げません。）
でもローリングは初心者には少し難しいテクニックです。ローリングが不十分だと120度肩が開いただけの、抵抗の大きい入水になってしまいます。ならば最初から腕の伸ばしやすい姿勢=入水の抵抗が少ない姿勢、先ほど述べた『親指が背中側、小指が顔側にある』状態、つまり親指入水の方が人体構造上スムーズです。
実際オリンピック選手見てみると入水方法は結構バラバラです。小指・手の甲全体・親指となんでもありです。最後は個人の好き嫌いですが、人体解剖的には親指入水の方がスムーズでありおススメします。
以上です。またお願いします。
参考：日本整形外科・リハビリ科HP https://ameblo.jp/tosyuryoho/entry-12282033725.htm